Der Mensch ist nie so allein, wie er denken mag. Im Darm beherbergt jeder eine schier unglaubliche Anzahl von Mikroorganismen. Diese Kleinstlebewesen – in der Gesamtheit als Mikrobiom bezeichnet – nehmen Einfluß auf uns, aber wir nehmen ebenso Einfluß auf sie. Das Immunsystem überwacht deshalb ständig den Inhalt des Darms (siehe „Die Darm-Hirn-Achse“). Durch Bildung von Defensinen (antimikrobielle Peptide) steuert der Darm aktiv die Zusammensetzung des Mikrobioms, welches uns zur Seite steht und die Ausbreitung fremder, feindlich gesinnter Mikroben bekämpft. Darm, Immunsystem und Mikrobiom stehen in einem Gleichgewicht, und Störungen dieses eingespielten Teams haben Folgen für unsere Gesundheit.
Die Nahrung ist für die Zusammensetzung unseres mikrobiellen Partners von entscheidender Bedeutung, er gedeiht unter dem Einfluß einer guten, aber er erleidet die Folgen einer heutzutage überall propagierten „modernen“ Ernährung. Tiefkühlpizza, Fertigsuppen, Aufbackbrötchen, die Liste der schnell verbrochenen Grausamkeiten ist schier endlos. Wir lassen den Wahnsinn zu, Mangos aus Afrika oder Äpfel aus Neuseeland zu importieren. Diese Nahrung ist aber in keinster Weise urheimisch. Mensch – aber auch das Mikrobiom – hatten keine Möglichkeit, sich an diese zu gewöhnen. Aber wir belassen es nicht bei falscher Ernährung; Auch chemische Medikamente stören die Balance zwischen uns beiden. Der Einsatz von Protonenpumpeninhibitoren (Anwendung bei Sodbrennen) ermöglicht Mikroben die Magenpassage, die im Normalfall dort getötet würden. Im Darm angekommen, geht dann der Streit mit den Alteingesessenen los.